Thông tư 86/2025/TT-BTC quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Tóm tắt mang tính tham khảo.

Ngày 28 tháng 8 năm 2025, Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 86/2025/TT-BTC quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh. Đây là văn bản pháp lý quan trọng nhằm hoàn thiện hệ thống phí, lệ phí trong lĩnh vực hải quan, tạo cơ sở minh bạch cho hoạt động xuất nhập khẩu, xuất nhập cảnh và quá cảnh tại Việt Nam. Phạm vi điều chỉnh và đối tượng áp dụng Thông tư này quy định chi tiết về mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh. Đối tượng áp dụng bao gồm các tổ chức, cá nhân nộp phí, lệ phí; các tổ chức thu phí, lệ phí; cùng các cơ quan, tổ chức, cá nhân khác có liên quan trực tiếp đến công tác quản lý, sử dụng các khoản thu này. Quy định về người nộp và tổ chức thu phí, lệ phí Thông tư phân định rõ ràng các đối tượng có nghĩa vụ nộp và các đơn vị có thẩm quyền thu phí, lệ phí cụ thể như sau: Người nộp phí hải quan: Bao gồm tổ chức, cá nhân thực hiện khai và nộp tờ khai hải quan hoặc các chứng từ thay thế tờ khai đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh; tổ chức, cá nhân đề nghị cấp sổ tạm quản (sổ ATA) đối với hàng hóa tạm xuất, tái nhập theo quy định tại Nghị định số 64/2020/NĐ-CP; chủ thể quyền sở hữu trí tuệ hoặc người được ủy quyền hợp pháp khi nộp đơn đề nghị kiểm tra, giám sát, gia hạn thời hạn giám sát hải quan hoặc đề nghị tạm dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa có dấu hiệu xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ. Người nộp lệ phí quá cảnh: Là tổ chức, cá nhân thực hiện khai và nộp tờ khai đối với hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam. Tổ chức thu phí, lệ phí: Gồm cơ quan hải quan theo quy định của pháp luật và các tổ chức được cơ quan hải quan ủy nhiệm thực hiện thu phí, lệ phí (bao gồm cả Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam - VCCI đối với việc thu phí hải quan cấp sổ ATA). Các trường hợp được miễn phí hải quan và lệ phí Nhằm thực hiện các chính sách nhân đạo, an sinh xã hội và tuân thủ các cam kết quốc tế, Thông tư quy định miễn phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh đối với các trường hợp sau: Hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại; quà tặng cho cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, cá nhân trong định mức miễn thuế; quà biếu, quà tặng vì mục đích nhân đạo, từ thiện; đồ dùng của tổ chức, cá nhân nước ngoài theo quy chế miễn trừ ngoại giao; hành lý mang theo người. Hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới trong định mức miễn thuế theo quy định của pháp luật. Phương tiện vận tải của cư dân biên giới được quản lý theo phương thức mở sổ theo dõi, không quản lý bằng tờ khai hải quan. Hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh được miễn phí, lệ phí theo quy định tại các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên hoặc theo cam kết cụ thể của Chính phủ Việt Nam. Biểu mức thu phí hải quan và lệ phí chi tiết Mức thu phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh được áp dụng thống nhất theo biểu mức dưới đây: Phí hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh: 20.000 đồng/tờ khai. Phí hải quan kiểm tra, giám sát, gia hạn kiểm tra, giám sát, tạm dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có dấu hiệu xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ: 200.000 đồng/đơn. Phí hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh, bưu chính: 10.000 đồng/tờ khai. Phí hải quan cấp sổ ATA: 1.000.000 đồng/sổ. Phí hải quan cấp sổ ATA thay thế: 500.000 đồng/sổ. Lệ phí đối với hàng hóa quá cảnh: 200.000 đồng/tờ khai. Lệ phí đối với phương tiện vận tải quá cảnh đường bộ (bao gồm ô tô, đầu kéo, máy kéo): 200.000 đồng/phương tiện. Lệ phí đối với phương tiện vận tải quá cảnh đường thủy (bao gồm tàu, ca nô, đầu kéo, xà lan): 500.000 đồng/phương tiện. Quy định về nộp phí, lệ phí và ủy nhiệm thu Quy trình nộp phí, lệ phí được thiết kế linh hoạt nhằm tạo điều kiện thuận lợi tối đa cho người nộp và doanh nghiệp: Thời điểm nộp: Người nộp thực hiện nộp phí, lệ phí khi đăng ký tờ khai hải quan; khi đề nghị cấp sổ ATA; hoặc khi nộp đơn đề nghị liên quan đến bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ. Phương thức nộp: Người nộp thực hiện nộp phí vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách nhà nước của cơ quan hải quan mở tại Kho bạc Nhà nước; nộp lệ phí trực tiếp vào ngân sách nhà nước bằng tiền mặt hoặc thông qua các hình thức thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định. Đối với tổ chức được ủy nhiệm thu, người nộp có thể thanh toán bằng tiền mặt hoặc chuyển khoản không dùng tiền mặt. Nộp theo tháng: Trường hợp người nộp thực hiện đăng ký tờ khai nhiều lần trong tháng, có thể đăng ký với tổ chức thu để nộp phí, lệ phí theo tháng. Căn cứ vào danh sách tờ khai do cơ quan hải quan thông báo, người nộp phải hoàn thành nghĩa vụ nộp tiền chậm nhất vào ngày thứ 10 của tháng tiếp theo. Ủy nhiệm thu: Việc ủy nhiệm thu phí, lệ phí được thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế năm 2019 và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP. Mức phí trả cho bên được ủy nhiệm thu sẽ do hai bên thỏa thuận theo đúng quy định pháp luật. Chế độ quản lý, sử dụng tiền phí và lệ phí thu được Công tác quản lý tài chính đối với nguồn thu phí, lệ phí được quy định chặt chẽ nhằm bảo đảm sử dụng đúng mục đích và hiệu quả: Đối với tổ chức được ủy nhiệm thu: Phải thực hiện nộp toàn bộ số tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước và nộp số tiền phí thu được vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách của cơ quan hải quan mở tại Kho bạc Nhà nước theo đúng hợp đồng ủy nhiệm thu và quy định pháp luật liên quan. Đối với cơ quan hải quan: Nộp 100% số tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước. Đối với tiền phí hải quan, cơ quan hải quan được để lại toàn bộ (100%) số tiền thu được để trang trải chi phí cho các hoạt động cung cấp dịch vụ, tổ chức thu phí (bao gồm cả chi phí chi trả cho công tác ủy nhiệm thu phí, lệ phí). Việc quản lý và sử dụng khoản phí để lại này tuân thủ nghiêm ngặt theo quy định tại Nghị định số 82/2023/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Nghị định số 120/2016/NĐ-CP của Chính phủ. Hiệu lực thi hành và điều khoản chuyển tiếp Thông tư số 86/2025/TT-BTC chính thức có hiệu lực thi hành kể từ ngày 12 tháng 10 năm 2025. Thông tư này thay thế hoàn toàn Thông tư số 14/2021/TT-BTC ngày 18 tháng 02 năm 2021 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về cùng nội dung. Các nội dung khác liên quan đến việc thu, nộp, quản lý, sử dụng, chứng từ thu và công khai chế độ thu phí, lệ phí không được quy định trực tiếp tại Thông tư này sẽ được thực hiện theo các quy định hiện hành của pháp luật về phí, lệ phí, pháp luật quản lý thuế và thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực Kho bạc Nhà nước. Trong trường hợp các văn bản viện dẫn tại Thông tư này được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì áp dụng theo các văn bản mới nhất đó.